В 1992 и 1993 годах «Динамо» стало бронзовым призёром чемпионатов России, в 1994 году заняло 6-е место, после чего временно прекратило своё существование.
В 1996 году была создана команда МГФСО, на базе которой впоследствии было возрождено московское «Динамо». В сезоне-1997/98 команда выиграла турнир первой лиги, а спустя три года «Динамо-МГФСО-Олимп» стало победителем высшей лиги «А» и завоевало право играть среди сильнейших коллективов России.
В 2002 году, дебютном в Суперлиге, динамовцы выиграли бронзовые медали.
Сезон 2006/07 годов был ознаменован для «Динамо» первой победой в Кубке России и неудачей в «Финале четырёх» Лиги чемпионов. В полуфинале этого турнира динамовцы уступили французскому «Туру» и были вынуждены довольствоваться третьим местом. Уверенно влились в состав молодые игроки Алексей Остапенко и Сергей Гранкин.
В чемпионате России-2008/09 динамовцы заняли 4-е место, впервые с 2003 года не попав в призёры.
В сезоне-2011/12 динамовцы добились долгожданной победы на евроарене — в финальных матчах Кубка Европейской конфедерации волейбола была обыграна польская «Ресовия». В апреле 2015 года динамовцы второй раз в своей истории завоевали Кубок Европейской конфедерации волейбола.
В сезоне 2016/2017 «Динамо» стало серебряным призером чемпионата России. Главным изменением в межсезонье в составе динамовцев стал переход в «Белогорье» многолетнего капитана и основного связующего команды Сергея Гранкина.