Сергей Константинович приводил молодежную сборную к победам на чемпионатах мира (2011, 2013) и Европы (2000, 2004, 2010, 2014).
В январе 2012 года был назначен куратором всех молодёжных мужских сборных России (подбор тренерских кадров, игроков, составление и утверждение календаря).
В 2013 году под его руководством студенческая сборная России стала победителем Универсиады в Казани, а старшая молодежная сборная – бронзовым призером первого в истории чемпионата мира U-23.
В 2015 году под руководством Сергея Шляпникова вторая сборная России стала бронзовым призёром Европейских игр в Баку.
2 февраля 2017 года на президиуме Всероссийской федерации волейбола Сергей Константинович был назначен на должность главного тренера мужской сборной России. В сентябре 2017 года под его руководством сборная России стала победителем чемпионата Европы, обыграв в финале команду Германии (3:2).

Отметим, что Сергей Константинович Шляпников работал и с волейболистами красноярского «Енисея»: под его руководством связующий Роман Жось и доигровщик Никита Аксютин стали победителями чемпионата мира среди молодежных команд (2013), а блокирующий Максим Куликов – бронзовым призером чемпионата мира среди мужских старших молодёжных команд U-23 (2013).